Trong Contra, người chơi điều khiển một trong hai đặc nhiệm quân sự được trang bị vũ khí, tên là Bill và Lance, được cử đi thực hiện nhiệm vụ vô hiệu hóa một tổ chức khủng bố mang tên Red Falcon, tổ chức này đang bí mật lên kế hoạch chiếm lấy Trái Đất.